康熙帝决定在台湾设府，由福建省管辖，并派兵驻守。从此，台湾重新处于中央的行政管理之下。
在北部和西部，中国和俄罗斯两大强国相遇，清朝边境不断遭遇东进的俄罗斯的挑战，引起一系列的纷争。
俄国本是一个欧洲国家，自第一个沙皇伊凡四世起，就开始派商人、冒险家越过乌拉尔山脉，征服西伯利亚。至17世纪后期，沙俄在西伯利亚已站稳脚跟，并建立了数十个城寨，其中有1632年在勒拿河上建成的雅库次克，1654年建成的尼布楚城以及在黑龙江咽喉所建的雅克萨城。
大将军炮
陈列在中国军事博物馆中的清代“神威无敌大将军炮”，曾在雅克萨抗俄作战中立下了赫赫战功。
中俄冲突随着沙俄的入侵而日益激烈。结束了三藩之乱，也统一了台湾，康熙大帝决心以武力驱逐占据雅克萨的沙俄侵略者。
1685年，边防军都统彭春写信给俄军，要求撤出雅克萨，俄军不予理睬。于是，3000名清军分水陆两路夹营而立，把神威大将军炮等火器移入前沿阵地，用火炮日夜轰击攻城。
4天后，俄军头目托尔布津被迫出城投降，清军允许他带着所部官兵及妇女儿童撤回俄国。这次雅克萨之战，以清军胜利告终，康熙帝在出巡古北口途中闻讯，非常高兴。
清军烧毁雅克萨城，然后撤到黑龙江城（瑷珲）驻防。第二年（1686年），俄军又在托尔布津率领下返回到雅克萨，依旧址重新筑城，并贮备足够两年用的粮食。