这时，载垣、端华尚不知发生了何事，当两太后召见奕訢等人时，竟在宫门外大喊大叫进行阻止。紧接着又迅速发下一道“谕旨”，将载垣、端华、肃顺革去爵职拿问，交宗人府会同大学士及六部、九卿等官共议其罪。这时，肃顺则刚走到京郊密云，睿亲王仁寿、醇郡王奕连夜赶去，在卧室中将其拿获。最后处死肃顺，令端华、载垣自尽，将景寿等革职充军。
十月初一日开始对参加政变的王大臣论功行赏，任命恭亲王奕訢为议政王。
十一月十一日，举行登基大典，次日，慈禧便开始了长达半个世纪的垂帘听政。
东太后慈安死因之谜
在清朝的历史上，作为两宫皇太后之一的东太后慈安是与西太后慈禧一样举足轻重的人物，然而光绪七年三月初十日（1881年4月8日），一向健康无病的东太后慈安在12小时内竟突然发病及暴卒，实在出人意料。从此，慈安之死成为清宫的一件疑案。