过了一段时间，仇鸾的劣迹被曝光了，杨继盛的好日子就来了，先起复为诸城知县，又调任南京户部主事，再升任刑部员外郎。严嵩对仇鸾特别愤恨，杨继盛弹劾过仇鸾，让严阁老十分满意，想要重点提拔他。可是在杨继盛眼里，严嵩也不什么好东西，甚至比仇鸾还要恶劣，于是上疏弹劾严嵩，说他有十大罪状，主要内容和沈炼的差不多。他最后要求：“愿陛下听臣之言，察嵩之奸。或召问裕、景二王，或询诸阁臣。重则置宪，轻则勒致仕。内贼既去，外贼自除。虽俺答亦必畏陛下圣断，不战而丧胆矣。”对于杨继盛的指控，嘉靖皇帝并不采纳，把他关进监狱，就是不判刑，事情活活拖了三年，也没个结果。
朱厚熜没有杀死杨继盛的打算，这可急坏了严嵩党羽。胡植、鄢懋卿两位严党人士，就对主子说：“留着杨继盛，不除掉他，就是养虎遗患呀！”那怎么除？正好都御史张经、李天宠犯了大罪，皇帝大概是要判他们死刑的，于是杨继盛的名字就被附在死刑名单后面，朱厚熜在不注意的时候，签了同意，可以把杨继盛铲除了。消息传出来，杨夫人跪在皇宫门前，上疏朝廷，请求替丈夫死。可惜这份文件没有传到皇帝手里，而是落入了严嵩的手里，他就压着，不上报。嘉靖三十四年（公元1555年）十月，杨继盛在西市殒命，临刑时赋诗一首：“浩气还太虚，丹心照千古。生平未报恩，留作忠魂补。”天下争相传诵，以此表达对严嵩、对朝廷的不满。