不同种类抗原的来源有很大差异，其与机体的亲缘关系也各不相同，则抗原据此可以分为四类：1）异种抗原（xenoantigens）：指的是来自不同种生物的抗原，例如侵入人体的各类病原微生物、毒素、异种血清、异种器官、异种蛋白如花粉等；2）同种异体抗原（alloantigens）：包括同种的不同个体间存在抗原性差异的各种组分，如不同血型的血浆等；3）自身抗原（autoantigens）：自身抗原指的是一些自身的组织成分在特殊情况下具有了免疫原性，但这些组分在正常状态下是不能进入血液、不具有免疫原性的，如眼球的晶状体蛋白、精子等；4 ）异嗜性抗原（heterophilic antigens）：指的是广泛存在于各种物种之间的具有广泛的免疫原性的抗原类物质，即两种种属不相关的机体可能具有相同的抗原。
另外，根据抗原在抗原提呈细胞的合成部分又分为外源性抗原和内源性抗原。根据抗原的产生方式又分为天然抗原、人工抗原、合成抗原等。根据其溶解性分为可溶性抗原、颗粒性抗原。根据其化学性质分为蛋白质抗原、多糖抗原等。根据其效果分为肿瘤抗原、移植抗原等。