亚历山大利用埃及人民对波斯的愤恨情绪，趁着埃及到处爆发反波斯起义的时机，率军进抵埃及。波斯派驻埃及的总督马扎西斯早已听说伊苏斯大战的结局和大流士三世败逃的消息，自己手边又没有波斯军队，只好“客客气气”迎接亚历山大进入埃及二亚历山大的军队在这里几乎没有遇到任何较大的抵抗，迅速地占领埃及整个国土。埃及人把亚历山大视为自己的解放者，给他们以友好的欢迎和接待。
亚历山大在埃及采取了征服和怀柔相结合的狡黠政策。他不去触动当地传统的政治制度和宗教信仰。他为了借助宗教僧侣的力量，给僧侣以大量的馈赠。为了表示对埃及神祗的特别信仰，曾亲自经历干旱炎热、难以通行的沙漠，对西瓦绿洲的阿蒙神庙作了一次极其隆重的谒拜。埃及僧侣们感激之余便宣布亚历山大为太阳神“阿蒙的儿子”，埃及国王的合法继承人。据说，亚历山大在那里还曾请过神示，神谕启示他将战胜一切敌人，成为全世界的统治者。这样，对埃及的征服就得到宗教的承认，亚历山大的统治也具有了古埃及传统的形式。
亚历山大在埃及时期，曾在尼罗河三角洲之上建立一座城市，并用自己的名字命名为亚历山大。托勒密时期，亚历山大成为整个地中海地区的最大城市，是地中海地区与东方各国经济和文化交流的中心。这里建有世界上第一个最大的图书馆。馆内藏书70万卷。许多学者来到这里研究学问。著名古代数学家欧几里得、阿基米德都曾在这里取得学术成就：在城外法罗斯岛上，矗立着一座灯塔，高达122米，40公里以外可见灯光，为出入港口的船只指引航路，被称为古代世界七大奇迹之一。