然而，战争是残酷的，也是最实际的，打了败仗的指挥员无疑要对战败负责。会议经过三天的讨论，最后做出决议：第五次反“围剿”失败的最高原因，是军事指挥上和战略战术上的错误；而军事上的领导错误应由李德、博古、周恩来三人负责，其中李德和博古应负最高责任。
会议做出决定：毛泽东当选为政治局常委；取消“三人团”，仍由中革军委主席朱德、副主席周恩来为军事指挥者，周恩来是党内委托的对军事指挥下最后决心的负责者。而在中常委的分工中，“以泽东同志为恩来同志在军事指挥上的帮助者”。
遵义会议撤销了博古与李德的最高军事领导权，但博古总负责的职务并没有被撤销。然而，他作为党的总负责人的地位已经动摇，1935年2月5日，红军到达了云贵川三省交界处的云南省威信县水田寨花房子村，由于这里地处三省交界处，天亮公鸡打鸣，三个省的人家都可以听到，因此这个村子又叫“鸡鸣三省”。
红军进村住下后，张闻天找到毛泽东说：
“博古在遵义会议中受到大家批判，思想上并没有想通，还有抵触情绪，恐怕再领导下去会有很多困难，大家也会不服气。”